引言
清末时期，传统经学教育为核心的意识，实现了课程体系的重构——经学从汉初的五经经过近二千多年的发展，形成了以四书五经为主干，经史子集相互配合的传统课程体系。
卷帙浩繁的经书无法全部容纳到现代学堂的课程设置之中，西方科技纳入到晚清学制系统以后，一大难题就是科学较繁，学制规定的时间有限，留给经学的学时必然大幅度压缩。要想遍读《十三经》绝不可能，只能采用节本进行授课。
在教学过程中，《礼记》、《周礼》选取通儒节本，《仪礼》只选择最重要的一篇，小学堂每天读四十个字，中学堂每天读二百个字。小学堂每天一点钟读经，一点钟挑背浅解，每星期治经十二点钟。中学堂每星期治经九点钟，六点钟读经，三点钟挑背浅解。大学堂设立经学专科，保持群经古学不废。
中学堂毕业，保证读过《孝经》、《四书》、《易》、《书》、《诗》、《左传》，及《礼记》、《周礼》、《仪礼》节本，保证学堂没有荒经之人，圣经不至废坠，经学可以昌明。
《学务纲要》中还规定：经学课程简要，并不妨碍西学。学堂不得废弃中国文辞，以便读古来经籍；戒袭用外国无谓名词，以存国文，端士风；小学堂不宜兼习洋文，因为童子正在幼年，当以圣经根柢为主，万不准减少读经，及中国文字功课。中学堂以上，再努力学习洋文。
学制期限的延长
这种折中调和的制度设计，导致学制期限无限延长，从7岁入小学堂到27、28岁毕业，时间长达20-21年，再加上通儒院5年，时间长达26年之久。对比科举考试时的学制安排，15岁进入“大学”学习阶段，很多学者20多岁就具有进士头衔，考取进士的平均年龄为30岁左右，显然“癸卯学制”的时间太长。
王伦信在评价“癸卯学制”时就认为“癸卯学制”：“指导思想仍是‘中学为体、西学为用’的延续，没有本质上的突破，强调对学生封建伦理道德知识的灌输，首要任务是培养学生效忠封建王朝；‘读经讲经’课的比重过大，初等小学堂占全部课程总时数的五分之二，高等小学堂占三分之一，中学堂占四分之一，大学堂设有经学科，中西兼学，既要学西学，又不肯稍减中学，导致学制偏长。”
“癸卯学制”是清政府在培养忠君实用人才的目的下制定的，作为学制起草人的张之洞也难以摆脱其“中体西用”的思想观念，渗透到学制系统中自然是既想师夷长技，又想保存国粹，导致中学与西学强行嫁接，学制系统非常复杂，再加上科举尚在，很多学子仍然觊觎科举功名，西学教师又极稀缺，势必难以在全国范围推行。
这些共同导致了年以后课程的进一步改革，例如：初等小学堂设立简易科，删减部分课程；中学堂进行文、实分科，课程有所偏重等。
清末教育宗旨的确立
晚清学部建立以前，传统的教育管理职能由国子监和礼部分担，国子监负责管理中央官学，通过地方官学举荐监生等途径来影响教育，礼部则主要通过管理科举考试来影响学校。科举制度的存在使得学部设立后，于各项学堂章程多所更正。
其要者，如改订考试办法，详定师范奖励义务，变通中、小学课程，中学分文科、实科之类，然大致不外修正科目，确定限制，其宏纲细目，不能出奏定章程之范围。晚清学部的设立，预示着专门的学校管理机构出现，随后开启了厘定教育宗旨事宜。年3月25日，学部将《奏请宣示教育宗旨折》上呈，请求朝廷批准实施。
在《奏请宣示教育宗旨折》中，学务大臣对比了东西各国学制，认为学校教育主要有专门、普通两类，普通尤其为各国所重视。
普通者，不在于造就少数之人才，而在于造就多数之国民。中国要振兴学务，首先要重视普通之学，使全国人民无人不学，其中明定宗旨宣示天下最为紧要。教育宗旨的制定要考虑国势民风强弱贫富，然后涤除陋习，造就全体国民。
学部的教育宗旨
根据中国的特点，学部提出了“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实”的教育宗旨，同年4月25号光绪帝御批通过，这一宗旨成为最早的官方法令形式出现的教育宗旨。
忠君与尊孔是中国政教所固有，急需进一步发明以抵御异端邪说。该宗旨认为东西各国虽然政体不同，但没有不崇敬国主的，忠君是政治之本。当时的列强德国、日本都重视对君主的忠诚。中国国民尤其是底层百姓因缺乏教育而不能体会主忧臣辱的道理，所以要加强对其教育，从小学开始养成君民一心的意识。
尊孔则是对于本国言语、文字、历史、风俗、宗教尊重与保全。从各国教育实践来看，学堂都是礼敬国教的。
孔子之道，大而能博，不但为中国万世不祧之宗，亦为五洲生民共仰之圣。日本明治维新时期尊王倒幕正是受到中国圣贤之学的影响，其国家与欧美强国并驾齐驱以后，仍然学习我国先哲至论，教育学生砥砺志节，激发忠义。
在中国，孔子自古就被誉为圣人，对于国人尤为亲切。学部认为所有学堂“宜以经学为必修之科目，作赞扬孔子之歌，以化俗浇漓之习，春秋释菜及孔子诞日，必在学堂支祭作乐，以表欢欣鼓舞之忱”，经学的注疏解说是经学的羽翼，所以需要条分缕析，编成教科书，成为学堂中的核心内容。
学生有贤愚不肖之分，所以要因材施教，根据学生的学业程度，高等学堂可以研究到精微的程度，中学堂以下，取其浅近平实，切于日用，主张身体力行不要空谈。学生成年之前，熏陶于正学，进入社会以后不会被异端邪说所侵害，自然国教愈崇，民心愈固。
从学部阁臣的论述来说，能够看出他们将儒家看成中国的国教，通过西洋列强重视宗教教育来论证尊孔读经的必要。
其次，他们认为日本经济发达，可媲美列强，却仍然尊崇孔子，在学校教育中通过经学内容教育学生以培养其品格。对于学堂为何读经，阁臣已经提不出更充分地论证，只能挟洋以自重。
落后的经济和列强的屡次凌辱使得晚清政府已经失去文化自信，面对封建君主体制和沉重的文化遗产，他们又难以提出更好的继承方式，只能将忠君与尊孔作为教育宗旨最核心的内容，但是却缺乏合理的论证。
忠君与尊孔能够保存政体，但是却难以实现国家的富强，学部的教育宗旨开始通过“尚公、尚武、尚实”来打补丁。尚公解决国人的私心问题，增强爱国意识，开设修身、伦理、历史、地理等科目。尚武解决国民衰弱、战力不强的问题，实行军国民教育，在国文、历史、地理教科书中，增设海陆战争事迹，加强各种军事知识。
音乐鼓吹视死如归的精神，体操锻炼筋骨、增强纪律。尚实改变传统教育高谈性命，崇尚虚无的缺点，反对记诵考据，主张经世致用。
西洋的传统教育也重视理论，培根倡导实验学派以后，科学横贯五洲。普通教育中小学堂修身、国文、算术等科目，要从易知易从的入手。格致、画图、手工都应该视为重要科目，发达实用科目。从全球教育来看，实业最为重要，农工商之才，对于国计民生最为重要。
学部教育宗旨仍然在“中体西用”的框架下进行论证。传统经学不再担负经世致用的重任，而是由西方的农工商之学来承担。正如光绪帝在御批中所说，忠君的目的是君民一体，爱国即保家；尊孔的目的主要是正学昌明，翼教以扶世。
至于国家经济富足则“务讲求农工商各科实业，物无弃材，地无遗利，期有益于国计民生；庶几风俗淳厚，人才众多”。
忠君尊孔起到维持封建王权、统一国民思想的作用。尚公、尚武、尚实则是模仿日本崛起的经验，从最实用的角度来进行教育改良。但昭彬在分析学部教育宗旨时认为：“一方面，朝廷试图通过新式教育来灌输忠君、尊孔的思想意识，力图培养维护清王朝的卫道士；另一方面，又怕新式教育所养成的生徒，受西方民主思想洗礼而引起革命之思，成为清王朝的掘墓人”。
结语
总的来说，从清末“新政”的历程来看，犹豫不决、前后观望，直到天崩地裂之时才进行激进变革，这些都预示着晚清落后的政治体制没有能力实现内部的合理变革。当然，也要看到学部教育宗旨在官方教育理念上已改变了传统经学教育为核心的意识，实现了课程体系的重构。